La cittadina che sorge a poca distanza della riva orientale del Lago Trasimeno anticamente era conosciuta come Pian di Carpine, a causa della diffusa presenza nella zona del carpine (una betulla dal fusto bianco), ora pressocchè scomparso, ma riprodotto nello stemma del Comune.
Il territorio è costituito da una fascia costiera su cui sorgono le frazioni di Torricella, Monte del Lago, San Feliciano, San Savino Sant’Arcangelo e da una zona collinare con le frazioni di Agello, Villa, Soccorso ed i caratteristici borghi di Antria, Montecolognola, Montemelino, e Montesperello e lo stesso capoluogo.
A Magione ha sede il Castello dei Cavalieri di Malta che originariamente era detto “la magione”, nome che poi ha finito col designare tutto ’insediamento creatosi intorno ad esso. Fu in questo castello che nel 1502 avvenne la famosa congiura, detta “Dieta di Magione”, ordita da alcuni signorotti ai danni di Cesare Borgia e che è ricordata da Niccolò Machiavelli ne “Il Principe”. Il Castello posto a sud e la Torre dei Lambardi del XIII secolo a nord costituivano il sistema difensivo della città.
Magione ha dato i natali a Giovanni da Pian di Carpine, uno dei primi seguaci di S. Francesco, che con il nome di Fra’ Giovanni si recò, primo dei numerosi missionari italiani, in molti paesi d’Europa ed nel 1245 in Mongolia. Sua la famosa “Historia Mongalorum” che descrivendo questo paese facilitò i successivi viaggi di esploratori, tra cui Marco Polo.